L'onere della prova spetta a chi afferma l'esistenza di Dio, non a chi la nega. Come già sostenevano i latini, "Affirmanti incumbit probatio" - la prova tocca a chi afferma. Quindi i credenti devono dimostrare l'esistenza di Dio, non gli atei provarne l'inesistenza. Altrimenti si dovrebbe confutare anche l'esistenza di unicorni e Nonna Papera.
Gli attributi comunemente attribuiti a Dio (onniscienza, onnipotenza, somma benevolenza) sono in contraddizione tra loro. Se Dio è onnisciente e onnipotente, perché permette il male nel mondo? Se lo sa ma non lo impedisce, non è sommamente buono; se non lo sa o non può impedirlo, non è onnisciente o onnipotente. Infine, se si riduce tutto il ragionamento al fatto che Dio ha dato all'uomo il libero arbitrio sapendo che lo avrebbe usato per fare il male, allora si può dire che Dio è perfido.
Un essere onnipotente e perfetto non avrebbe alcun motivo di agire, in particolare di creare l'universo. Dio non proverebbe desideri, essendo il concetto di desiderio specificatamente umano. Ma l'universo esiste, quindi un Dio onnipotente non può esistere.
Nella vita spesso il giusto è punito e l'ingiusto premiato. Come può esistere un Dio giusto che tollera tali iniquità? I credenti rispondono che Dio provvederà a fare giustizia nell'aldilà, ma questo non spiega perché permette l'ingiustizia in vita.
Secondo Richard Dawkins, "un Dio capace di guidare l'evoluzione deve essere almeno altrettanto complesso e improbabile quanto l'evoluzione stessa". Quindi Dio, per esistere, dovrebbe essere ancora più improbabile dell'evoluzione, che i credenti ritengono impossibile senza un disegno divino.